Το ύψος των τελών φοίτησης για το Π.Μ.Σ. ανέρχεται στο ποσό των 2.250,00 ευρώ. Τα τέλη φοίτησης καταβάλλονται σε τρεις ισόποσες δόσεις στην έναρξη κάθε εξαμήνου στον Ειδικό Λογαριασμό Κονδυλίων Έρευνας (Ε.Λ.Κ.Ε.), ο οποίος είναι αρμόδιος για τη διαχείρισή τους. Στις περιπτώσεις διακοπής της φοίτησης το συνολικό καταβληθέν ποσό δεν επιστρέφεται.